O Museu das Flores foi aberto ao público pela primeira vez em 1993. Em 2016 teve um período de encerramento temporário devido a uma profunda requalificação. A partir daí, tem sido fulcral para a proteção do património das Flores: no âmbito de uma valorização do património natural, procura estabelecer parcerias com os serviços ambientais da ilha e com o Parque Natural das Flores, de modo a organizar e promover atividades que evoquem uma maior participação da população na proteção dos valores naturais e ambientais das Flores; por outro lado, e em relação ao património cultural, empenha-se na prossecução de iniciativas que o valorizem e dinamizem a própria instituição, ao mesmo tempo que se privilegia uma ligação com a comunidade, ao constituir um local de partilha e recolha de memórias relativas à história da ilha e das suas gentes.
Além da coleção de scrimshaw (tarte do entalhe e da gravação ou pintura em marfim – dentes e ossos – de cachalotes), este espaço museológico possui ainda uma gama de alfaias agrícolas relacionadas com o amanho da terra e tratamento das produções (pastel, cereais, leguminosas, tubérculos e linho são as predominantes). Além disso, importa referir a existência de uma coleção bastante relevante de utensílios de fiação e tecelagem de linho e lã e a coleção de têxteis produzidos localmente em linho e lã (composta por colchas, cobertores, toalhas e vestuário, embora utilizando, em alguns casos, algodão importado dos Estados Unidos da América para a urdidura do tecido).